El objetivo central de la materia es que el estudiante comprenda la estructura lógica de la sistemática biológica moderna, comprenda los principios de los métodos filogenéticos, así como una visión integral de herramientas filogenéticas para poner a prueba hipótesis evolutivas.

Las clases de problema tienen como objetivo fijar los conocimientos teóricos y poner en práctica los conceptos en problemas simplificados.

Los trabajos prácticos tienen como objetivo que el estudiante pueda adquirir habilidades en el manejo de las metodologías de análisis filogenético, así como enfrentarse con la complejidad de los datos y técnicas de análisis. El trabajo práctico aplicado tiene como objetivo ejercitar el diseño de un estudio filogenético para responder preguntas biológicas concretas con datos reales, así como comprender y reproducir análisis filogenéticos de publicaciones.